• 2016年2月,习近平总书记批示国家科技部和国家卫计委,成立中国精准医疗战略专家委员会。随后,提出中国精准医疗计划,并将其列入国家十三五科技发展重大专项,上升为国家战略。为响应国家精准医疗计划,诺禾致源引进国际成熟的管理和服务体系,同时拥有先进的医学检验设备,汇集大批技术与管理人才,具备标准的生产流程、完善的质控体系及高素质的检验人员,目前已与国内外高水平医疗机构和临床专家开展广泛合作。诺禾致源以深度基因测序和大数据分析为核心技术,持续开发并注册基于数字PCR平台,NGS平台系列的肿瘤分子病理诊断仪器及
    • 2016年2月,习近平总书记批示国家科技部和国家卫计委,成立中国精准医疗战略专家委员会。随后,提出中国精准医疗计划,并将其列入国家十三五科技发展重大专项,上升为国家战略。为响应国家精准医疗计划,诺禾致源引进国际成熟的管理和服务体系,同时拥有先进的医学检验设备,汇集大批技术与管理人才,具备标准的生产流程、完善的质控体系及高素质的检验人员,目前已与国内外高水平医疗机构和临床专家开展广泛合作。诺禾致源以深度基因测序和大数据分析为核心技术,持续开发并注册基于数字PCR平台,NGS平台系列的肿瘤分子病理诊断仪器及 >>
    • 来源:www.novogene.com/tech/service/gwas/result/
    • 全基因组关联分析快速定位影响水稻农艺性状的新基因 Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice   对于鉴定未知基因与 QTL 的关联存在较大困难的原因在于:1、具有丰富多态性的作物群体材料常常存在强烈的群体结构效应,进而导致表型与分子标记之间的假阳性关联结果。2、LD 衰减距离过长导致未知基因鉴定困
    • 全基因组关联分析快速定位影响水稻农艺性状的新基因 Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice 对于鉴定未知基因与 QTL 的关联存在较大困难的原因在于:1、具有丰富多态性的作物群体材料常常存在强烈的群体结构效应,进而导致表型与分子标记之间的假阳性关联结果。2、LD 衰减距离过长导致未知基因鉴定困 >>
    • 来源:genome.annoroad.com/Product/Genomics/Chong/allgeneanalyse
    • 分析编码转录本的起始/终止位置临近区域的多样性和进化分歧度(参见下图b)。  (3). 疾病变异体探测 将样本测序中分析得到SV与HGMD疾病变异体数据进行比对,得到交叉记录的错义和无义的SNP;通过将HGMD疾病关联突变与CUI(疾病概念分类标识数据库)比对获得HGMD中所有SV的疾病表型,并获得HGMD与测序数据分析得到的SV的疾病表型;并通过Fisher检验和Bonferroni多重假设检验校正计算样本SV所富集的疾病表型。  (4).
    • 分析编码转录本的起始/终止位置临近区域的多样性和进化分歧度(参见下图b)。 (3). 疾病变异体探测 将样本测序中分析得到SV与HGMD疾病变异体数据进行比对,得到交叉记录的错义和无义的SNP;通过将HGMD疾病关联突变与CUI(疾病概念分类标识数据库)比对获得HGMD中所有SV的疾病表型,并获得HGMD与测序数据分析得到的SV的疾病表型;并通过Fisher检验和Bonferroni多重假设检验校正计算样本SV所富集的疾病表型。 (4). >>
    • 来源:blog.sina.com.cn/s/blog_68ddca510101okrd.html
    • 全基因组关联分析快速定位影响水稻农艺性状的新基因 Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice   对于鉴定未知基因与 QTL 的关联存在较大困难的原因在于:1、具有丰富多态性的作物群体材料常常存在强烈的群体结构效应,进而导致表型与分子标记之间的假阳性关联结果。2、LD 衰减距离过长导致未知基因鉴定困
    • 全基因组关联分析快速定位影响水稻农艺性状的新基因 Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice 对于鉴定未知基因与 QTL 的关联存在较大困难的原因在于:1、具有丰富多态性的作物群体材料常常存在强烈的群体结构效应,进而导致表型与分子标记之间的假阳性关联结果。2、LD 衰减距离过长导致未知基因鉴定困 >>
    • 来源:www.genome.cn/Product/Genomics/Chong/allgeneanalyse
    • 案例一:基于GBS的GWAS定位高粱农业性状 对971个来自全世界适应不同农业气候条件的品种基于GBS技术发现了约265,000个SNPs,研究了高粱基于地理来源和形态的群体结构,以及识别古老作物适应非洲和亚洲地区多样农业气候的模式。对336株高粱个体的株高和花序结构进行GWAS发现了多个性状关联候选基因(图1,图2)。高粱的全基因组SNP变异图谱为通过分子辅助育种和基因组选择的作物改良提供了基础。  图1 株高性状的GWAS结果  图2 花序结构性状的GWAS结果 案例二:基于RAD-seq的GWAS定
    • 案例一:基于GBS的GWAS定位高粱农业性状 对971个来自全世界适应不同农业气候条件的品种基于GBS技术发现了约265,000个SNPs,研究了高粱基于地理来源和形态的群体结构,以及识别古老作物适应非洲和亚洲地区多样农业气候的模式。对336株高粱个体的株高和花序结构进行GWAS发现了多个性状关联候选基因(图1,图2)。高粱的全基因组SNP变异图谱为通过分子辅助育种和基因组选择的作物改良提供了基础。 图1 株高性状的GWAS结果 图2 花序结构性状的GWAS结果 案例二:基于RAD-seq的GWAS定 >>
    • 来源:www.majorbio.com/product/20/15/88
    • ) 表1、新发现的相关位点举例列表   图2、6个疾病特异性作用变异位点(黄色三角)。例如,rs61816761[A] 等位基因变异在湿疹中是在花粉热中的1.32倍。rs2228145(黑色三角)表明在三种疾病中等位基因频率没有变化。  图3、过敏性风险变异影响的组织及生物过程 根据图3可见,这些变异主要影响血液和肺中的基因表达,并且在胞外信号诱导自噬的生物过程得到富集。  表2、潜在可行的过敏性疾病药物及目标基因列表 根据本研究结果,研究者发现了29个基因可能用于后续靶向药物开发,这些可能用于过敏性疾病
    • ) 表1、新发现的相关位点举例列表 图2、6个疾病特异性作用变异位点(黄色三角)。例如,rs61816761[A] 等位基因变异在湿疹中是在花粉热中的1.32倍。rs2228145(黑色三角)表明在三种疾病中等位基因频率没有变化。 图3、过敏性风险变异影响的组织及生物过程 根据图3可见,这些变异主要影响血液和肺中的基因表达,并且在胞外信号诱导自噬的生物过程得到富集。 表2、潜在可行的过敏性疾病药物及目标基因列表 根据本研究结果,研究者发现了29个基因可能用于后续靶向药物开发,这些可能用于过敏性疾病 >>
    • 来源:www.geneskies.com/index.php/Index/ndetail/id/289.html
    • 暑往寒来,秋收冬藏。2018年1月6日的古城南京大雪纷飞,但香港中文大学矫形外科及创伤学系的会议室里气氛却异常热烈,一场脊柱侧弯学术交流的盛会正在此如约举行。 14年前,南京大学教授、南京大学医学院附属鼓楼医院骨科邱勇主任与香港中文大学医学院矫形外科及创伤学系主任郑振耀教授约定,以后每年一月份的第一个周末,双方就青少年特发性脊柱侧弯(AIS)疾病研究展开的学术交流会议将持续进行,风雨无阻。 正是这个约定,促成了南京大学与香港中文大学脊柱侧弯联合研究中心的成立,而中心的成立,真正将我国AIS疾病研究方面的两
    • 暑往寒来,秋收冬藏。2018年1月6日的古城南京大雪纷飞,但香港中文大学矫形外科及创伤学系的会议室里气氛却异常热烈,一场脊柱侧弯学术交流的盛会正在此如约举行。 14年前,南京大学教授、南京大学医学院附属鼓楼医院骨科邱勇主任与香港中文大学医学院矫形外科及创伤学系主任郑振耀教授约定,以后每年一月份的第一个周末,双方就青少年特发性脊柱侧弯(AIS)疾病研究展开的学术交流会议将持续进行,风雨无阻。 正是这个约定,促成了南京大学与香港中文大学脊柱侧弯联合研究中心的成立,而中心的成立,真正将我国AIS疾病研究方面的两 >>
    • 来源:www.orthonline.com.cn/node/133527
    • 产品简介 全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)在动植物的研究中对于重要性状特别是复杂形状的定位有着快速、高效、准确的优点?;诟咄坎庑蚨阅持峙┳魑锘蚯菪蟮拇硇云分?、地方种或野生种进行基因分型,结合准确的表型数据可对农作物或禽畜重要复杂性性状进行定位。特别是在包含了野生种、驯化种和改良种的群体中,结合群体进化分析对收到驯化和改良的重要基因进行定位,是研究作物或禽畜微进化及驯化改良表型的重要思路。 应用领域 全基因组范围内多性状的定位; 目标性状的
    • 产品简介 全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)在动植物的研究中对于重要性状特别是复杂形状的定位有着快速、高效、准确的优点?;诟咄坎庑蚨阅持峙┳魑锘蚯菪蟮拇硇云分?、地方种或野生种进行基因分型,结合准确的表型数据可对农作物或禽畜重要复杂性性状进行定位。特别是在包含了野生种、驯化种和改良种的群体中,结合群体进化分析对收到驯化和改良的重要基因进行定位,是研究作物或禽畜微进化及驯化改良表型的重要思路。 应用领域 全基因组范围内多性状的定位; 目标性状的 >>
    • 来源:www.genepioneer.com/prod_view.aspx?TypeId=12&Id=212&FId=t3:12:3
    • 2016年2月,习近平总书记批示国家科技部和国家卫计委,成立中国精准医疗战略专家委员会。随后,提出中国精准医疗计划,并将其列入国家十三五科技发展重大专项,上升为国家战略。为响应国家精准医疗计划,诺禾致源引进国际成熟的管理和服务体系,同时拥有先进的医学检验设备,汇集大批技术与管理人才,具备标准的生产流程、完善的质控体系及高素质的检验人员,目前已与国内外高水平医疗机构和临床专家开展广泛合作。诺禾致源以深度基因测序和大数据分析为核心技术,持续开发并注册基于数字PCR平台,NGS平台系列的肿瘤分子病理诊断仪器及
    • 2016年2月,习近平总书记批示国家科技部和国家卫计委,成立中国精准医疗战略专家委员会。随后,提出中国精准医疗计划,并将其列入国家十三五科技发展重大专项,上升为国家战略。为响应国家精准医疗计划,诺禾致源引进国际成熟的管理和服务体系,同时拥有先进的医学检验设备,汇集大批技术与管理人才,具备标准的生产流程、完善的质控体系及高素质的检验人员,目前已与国内外高水平医疗机构和临床专家开展广泛合作。诺禾致源以深度基因测序和大数据分析为核心技术,持续开发并注册基于数字PCR平台,NGS平台系列的肿瘤分子病理诊断仪器及 >>
    • 来源:www.novogene.com/tech/service/gwas/result/
    • 近日,从中国农业科学院油料作物研究所获悉,张秀荣研究员领衔的芝麻与特色油料遗传育种创新团队与中国科学院合作,在国际上率先完成了芝麻高密度单倍型图谱构建和主要农艺性状大规模的全基因组关联分析,发掘了一批关联位点和候选基因。相关研究成果于2015年10月19日在线发表在国际知名期刊《自然通讯(Nature Communications)》杂志上。 据悉,芝麻是重要的油料作物,含油量高,富含不饱和脂肪酸、芝麻素等人体有益物质。芝麻为二倍体,基因组较小,是油脂相关性状研究的理想作物。该团队在前期完成芝麻基因组测序
    • 近日,从中国农业科学院油料作物研究所获悉,张秀荣研究员领衔的芝麻与特色油料遗传育种创新团队与中国科学院合作,在国际上率先完成了芝麻高密度单倍型图谱构建和主要农艺性状大规模的全基因组关联分析,发掘了一批关联位点和候选基因。相关研究成果于2015年10月19日在线发表在国际知名期刊《自然通讯(Nature Communications)》杂志上。 据悉,芝麻是重要的油料作物,含油量高,富含不饱和脂肪酸、芝麻素等人体有益物质。芝麻为二倍体,基因组较小,是油脂相关性状研究的理想作物。该团队在前期完成芝麻基因组测序 >>
    • 来源:www.agrogene.cn/info-2844.shtml
    • 案例一:基于GBS的GWAS定位高粱农业性状 对971个来自全世界适应不同农业气候条件的品种基于GBS技术发现了约265,000个SNPs,研究了高粱基于地理来源和形态的群体结构,以及识别古老作物适应非洲和亚洲地区多样农业气候的模式。对336株高粱个体的株高和花序结构进行GWAS发现了多个性状关联候选基因(图1,图2)。高粱的全基因组SNP变异图谱为通过分子辅助育种和基因组选择的作物改良提供了基础。  图1 株高性状的GWAS结果  图2 花序结构性状的GWAS结果 案例二:基于RAD-seq的GWAS定
    • 案例一:基于GBS的GWAS定位高粱农业性状 对971个来自全世界适应不同农业气候条件的品种基于GBS技术发现了约265,000个SNPs,研究了高粱基于地理来源和形态的群体结构,以及识别古老作物适应非洲和亚洲地区多样农业气候的模式。对336株高粱个体的株高和花序结构进行GWAS发现了多个性状关联候选基因(图1,图2)。高粱的全基因组SNP变异图谱为通过分子辅助育种和基因组选择的作物改良提供了基础。 图1 株高性状的GWAS结果 图2 花序结构性状的GWAS结果 案例二:基于RAD-seq的GWAS定 >>
    • 来源:www.majorbio.com/product/20/15/88
    • 产品简介 全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)在动植物的研究中对于重要性状特别是复杂形状的定位有着快速、高效、准确的优点?;诟咄坎庑蚨阅持峙┳魑锘蚯菪蟮拇硇云分?、地方种或野生种进行基因分型,结合准确的表型数据可对农作物或禽畜重要复杂性性状进行定位。特别是在包含了野生种、驯化种和改良种的群体中,结合群体进化分析对收到驯化和改良的重要基因进行定位,是研究作物或禽畜微进化及驯化改良表型的重要思路。 应用领域 全基因组范围内多性状的定位; 目标性状的
    • 产品简介 全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)在动植物的研究中对于重要性状特别是复杂形状的定位有着快速、高效、准确的优点?;诟咄坎庑蚨阅持峙┳魑锘蚯菪蟮拇硇云分?、地方种或野生种进行基因分型,结合准确的表型数据可对农作物或禽畜重要复杂性性状进行定位。特别是在包含了野生种、驯化种和改良种的群体中,结合群体进化分析对收到驯化和改良的重要基因进行定位,是研究作物或禽畜微进化及驯化改良表型的重要思路。 应用领域 全基因组范围内多性状的定位; 目标性状的 >>
    • 来源:www.genepioneer.com/prod_view.aspx?TypeId=12&Id=212&FId=t3:12:3
    • 该研究项目在卫生部的统筹安排下,由中国白癜风协会、武汉环亚白癜风医院、安徽医科大学、复旦大学华山医学院、中华白癜风名医堂等30余家机构和单位联合发起,在国家863计划、973计划、国家自然科学基金重点项目等相关资助下,历时5年,协作完成。 研究共对近2万例中国汉族、维吾尔族白癜风患者和健康人对照进行基因分型,在人类基因组的3个区域内发现与白癜风发病密切相关的基因,包括人类白细胞抗原(HLA)B/C和III区域的2个等位基因及相应的单倍型(H1和H5)、6号染色体区域的RNASET2,FGFR1OP和CCR
    • 该研究项目在卫生部的统筹安排下,由中国白癜风协会、武汉环亚白癜风医院、安徽医科大学、复旦大学华山医学院、中华白癜风名医堂等30余家机构和单位联合发起,在国家863计划、973计划、国家自然科学基金重点项目等相关资助下,历时5年,协作完成。 研究共对近2万例中国汉族、维吾尔族白癜风患者和健康人对照进行基因分型,在人类基因组的3个区域内发现与白癜风发病密切相关的基因,包括人类白细胞抗原(HLA)B/C和III区域的2个等位基因及相应的单倍型(H1和H5)、6号染色体区域的RNASET2,FGFR1OP和CCR >>
    • 来源:www.syykzx.com/xslw/3232.html
    • 全基因组关联分析是对具有丰富遗传多样性的群体的每个个体进行全基因组重测序,结合目标性状的表型数据,基于一定的统计方法进行全基因组关联分析,可以快速获得影响目标性状表型变异的染色体区段或基因位点。利用NGS数据提供的海量标记,全方位的解析性状与基因之间的关系,精确定位目标性状。 适用范围  (1)动植物自然群体;  (2)样本具有代表性和多态性(核心种质);  (3)样本间不能有明显的亚群分化(如存在生殖隔离等);  (4)所研究表型性状遗传力较强;  (5)建议样本数200个。
    • 全基因组关联分析是对具有丰富遗传多样性的群体的每个个体进行全基因组重测序,结合目标性状的表型数据,基于一定的统计方法进行全基因组关联分析,可以快速获得影响目标性状表型变异的染色体区段或基因位点。利用NGS数据提供的海量标记,全方位的解析性状与基因之间的关系,精确定位目标性状。 适用范围 (1)动植物自然群体; (2)样本具有代表性和多态性(核心种质); (3)样本间不能有明显的亚群分化(如存在生殖隔离等); (4)所研究表型性状遗传力较强; (5)建议样本数200个。 >>
    • 来源:www.majorbio.com/product/20/14/69
    • 终于到了最重要的关联分析了。 我们先回顾一下我们前几节课都讲了什么,第一节告诉您如何安装软件,第二节告诉您应该如何处理表型,第三节,vcf文件的处理,第四节,群体结构分析,第五节,亲缘关系分析。 那这节我将教大家如何去运用前几节讲的东西,去做GWAS。进行分析之前所需要准备的材料有:TASSEL软件、群体结构Q矩阵文件、亲缘关系Kinship文件、基因型文件、表型文件。 我们先ls-t一下,4个文件已经准备齐全: 我们在亲缘关系那节讲过,tassel的第一步就是给vcf文件进行排序,排成人家认可的顺序,接
    • 终于到了最重要的关联分析了。 我们先回顾一下我们前几节课都讲了什么,第一节告诉您如何安装软件,第二节告诉您应该如何处理表型,第三节,vcf文件的处理,第四节,群体结构分析,第五节,亲缘关系分析。 那这节我将教大家如何去运用前几节讲的东西,去做GWAS。进行分析之前所需要准备的材料有:TASSEL软件、群体结构Q矩阵文件、亲缘关系Kinship文件、基因型文件、表型文件。 我们先ls-t一下,4个文件已经准备齐全: 我们在亲缘关系那节讲过,tassel的第一步就是给vcf文件进行排序,排成人家认可的顺序,接 >>
    • 来源:www.51ui.cn/taiw/3470770/
    • 案例一:MutMap分析助力黄瓜油菜素内酯氧化酶scp-1的定位 通过Mutmap定位到一株用EMS诱变的黄瓜植株突变株(油菜素内酯缺陷型)中的scp-1基因,它编码了油菜素内酯生物合成途径中的一种氧化酶(BR-C6-oxidase),导致该植株的植物结构矮小紧凑。  案例二:通过QTL-seq检测鹰嘴豆种子重量性状的主效基因 文章选择两个极端重量性状亲本进行杂交,采用单子传代法构建RIL群体,子代种子重量性状成正态分布排列(图a)。选取子代极端性状个体构建两个混合池并测序,根据(SNP_index)方法
    • 案例一:MutMap分析助力黄瓜油菜素内酯氧化酶scp-1的定位 通过Mutmap定位到一株用EMS诱变的黄瓜植株突变株(油菜素内酯缺陷型)中的scp-1基因,它编码了油菜素内酯生物合成途径中的一种氧化酶(BR-C6-oxidase),导致该植株的植物结构矮小紧凑。 案例二:通过QTL-seq检测鹰嘴豆种子重量性状的主效基因 文章选择两个极端重量性状亲本进行杂交,采用单子传代法构建RIL群体,子代种子重量性状成正态分布排列(图a)。选取子代极端性状个体构建两个混合池并测序,根据(SNP_index)方法 >>
    • 来源:www.majorbio.com/product/27/43/97
    • 2018年3月,赵立平教授和团队在《科学》杂志上发表了一篇论文,利用多种膳食纤维的组合,改善了糖尿病人的肠道菌群,选择性地促进一组产短链脂肪酸细菌的富集。研究发现这组菌的丰度和多样性越高,血糖改善越好。[1] 这篇文章中利用宏基因组测序,在常规宏基因组分析的基础上,进一步使用了contig binning方法,充分利用了宏基因组数据,挖掘出有用信息。 contig binning究竟是一种什么样的神器呢?今天就和各位详细道来。 我们先来看看欧易生物宏基因组-contig binning的分析流程吧: 如上
    • 2018年3月,赵立平教授和团队在《科学》杂志上发表了一篇论文,利用多种膳食纤维的组合,改善了糖尿病人的肠道菌群,选择性地促进一组产短链脂肪酸细菌的富集。研究发现这组菌的丰度和多样性越高,血糖改善越好。[1] 这篇文章中利用宏基因组测序,在常规宏基因组分析的基础上,进一步使用了contig binning方法,充分利用了宏基因组数据,挖掘出有用信息。 contig binning究竟是一种什么样的神器呢?今天就和各位详细道来。 我们先来看看欧易生物宏基因组-contig binning的分析流程吧: 如上 >>
    • 来源:www.biodiscover.com/news/research/729206.html
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